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DNA杂交
杂交一般包括基因芯片基片的选择，探针合成，点样以及杂交体系的优化等。
一、基因芯片的基片可分为氨基片和醛基片等。
氨基片主要用于没有氨基修饰的DNA探针，常用来检测基因表达，不需要检测到单个碱基的差异，DNA在其表面固定的化学作用包括静电吸附和共价化合键两种，氨基片的探针和基片结合的效果如下：
醛基片适用于长度20-40mer的寡聚核苷酸探针，探针上会带上氨基修饰，如用来检测微生物和miRNA的芯片，这类探针可用来检测单个碱基的不同，提高检测的特异性，探针上的氨基和基片上的醛基是通过发生希夫反应而固定的。醛基片的探针基片集合效果如下：
由于我们检测的是单个位点上的突变，所以选择的是醛基片。
探针的设计，根据PCR产物和测定位点，以突变位点为中心进行选择，左右调整，探针之间要无同源性，克多设计几组去合成，最终通过杂交实验，选择特异性强、区分度较高且荧光信号值较高的作为最佳探针。
二、点样
用超纯水溶解探针后，和点样液按比例混合，点样液有防止水分过快挥发、增加粘度、稳定核酸等作用。待混合完整后上点样仪点样，根据要点样的密度和分布设定点样的每个点之间的间距，后仪器操作完成。
对于一个试剂盒，在芯片上需要的点一般包括阴性对照、空白对照、各个位点的野生型探针、突变型探针、标识列、阳性对照以及质控列等，点样时要尽量防止样品间可能的污染，如阳性等留到最后，一避免对前面的点造成影响。
待点样点水分挥发后，2~8℃干燥保存。
三、配制杂交液
杂交液一般含有SSC、SDS、甲酰胺，有些杂交实验的杂交液还有denharhe等试剂，SSC提供杂交所需的盐离子，SSC的浓度越高则杂交所得到的信号越强，同时会增加非特异性错配杂交，降低杂交反应的严谨性，降低杂交背景；甲酰胺是一种变性剂，可以降低杂交的Tm值，通过各个组份浓度的优化，选择对所有产物的杂交效果均表现较好的配比。
四、杂交条件
温度较高可以提高杂交的特异性，但灵敏度可能会下降，时间长也可能会增加非特异性结合，这都需要根据项目的不同情况，去选择合适的温度和时间。
五、同常规的Southem 印迹一样，芯片杂交后也要经过洗涤。洗涤成分及洗涤原则均基本一致，先用lxSSC、0．1％ SDS冲洗或漂洗几分钟除去残留的杂交液成分，再降低离子强度除去非特异性杂交，甩去残留在芯片上的液体，室温避光晾干
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